1868年的时候，日本江户幕府及其支持者与受到明治天皇支持的倒幕派之间爆发了一场内战，史称“戊辰战争”。战争的结果以以倒幕派的胜利而告终。这场战争是日本历史上的一个重要转折点，日本的明治天皇获得了实际的权力，并进行一系列政治、经济、军事和社会改革，开启了日本的现代化进程。

1869年8月，为了纪念在战争中丧生的3500名倒幕武士，建立了“东京招魂社”，1879年改名为“靖国神社”。1887-1946年期间，靖国神社受日本陆军和海军管辖，1946年起，脱离日本政府的控制，成为独立的宗教组织。

后来的靖国神社总计供奉了日本历次对外战争中去世的人员，合计超过246万6千人，仅二战中去世的人员就有约213万4千人，这一数字包括在中国战场丧生的45万5千7百人。

由于在靖国神社供奉的2百多万人员中，有1038人是战犯或者涉嫌战犯，这引起了亚洲广受日本侵略之苦的国家的不满，在二战同盟国家范围内也颇受微词。特别是在1978年10月14日，靖国神社将二战期间东条英机等13名甲级战犯和乙级战犯松井石根等计14人的名字列入到战争死亡者名册上，这引起了以中国、韩国、俄罗斯等国家的强烈抗议，日本的裕仁天皇也因此拒绝参拜靖国神社直至1989年去世。

对于日本政客参拜靖国神社的行为，在日本国内也存在着诸多争议，主要集中于关于政教分离的争议，以及可能造成对侵略战争的肯定甚至是美化侵略战争。

说句题外话：二战后，远东国际军事法庭将东条英机等7名战犯判处了死刑，这7人均被在1978面列入靖国神社的名册，但他们7人的骨灰实际是合葬在日本爱知县西尾市的三根山。