东晋是中国古代最为混乱的朝代之一，从它建立开始就内乱不断，百姓生活民不聊生，社会动荡不休，是中国历史最为黑暗的时期之一。在这个时期，作为东晋首都的建康屡次被叛军攻占，皇帝和朝廷大臣不是被叛军俘虏，就是逃往他方向地方军阀求助。这不仅让东晋朝廷威信尽失，国家摇摇欲坠，而且皇帝和王公大臣们也经常颠沛流离，过着朝不保夕的日子。晋成帝司马衍时期的苏峻祖约之乱便是典型，这场叛乱中叛军攻占了建康，几乎将整个朝廷完整俘虏，只有中书令庾亮等少数朝廷要员逃脱。
庾亮逃脱后汇合骠骑将军温峤、司空郗鉴、征西大将军陶侃联合起兵，起兵讨伐苏峻和祖约的叛军。同时身在建康的司徒王导秘密传出皇太后庾文君的诏令，命会稽内史王舒、奋武将军庾冰起兵救援建康。消息传出后，吴兴太守虞潭、吴国内史蔡谟和前义兴太守顾众都举兵向应。于是三吴之地的东军形成，与温峤、陶侃的西军对盘踞在建康的叛军形成了合围之势。结果苏峻兵败被杀，祖约率宗族及亲信数百人北逃后投靠后赵天王石勒。祖约投靠石勒后下场凄惨，祖氏一族百余人全部被石勒下令在市集处死，妇女被分赐诸胡为妾婢。
这段史料中有一个让人疑惑之处，苏峻叛军攻占建康后，虽然俘虏的东晋朝廷，但并没对晋成帝司马衍和朝廷大臣采取严厉的限制措施。他不但拒绝了属下提出的处死王导等朝廷重臣的建议，而且没有废除司马衍，自己登基称帝的打算。即便是在东晋军攻打建康最为激烈的时刻，苏峻也只是软禁了司马衍，而放过了王导等朝廷重臣。这才使得王导能带着两个儿子出逃，协调东西军合攻建康的战争。因此在总结苏峻叛乱失败的原因时，很多历史爱好者归咎于他对于王导等朝廷重臣过于宽容，没能制止他们与外军内外联合。
那么问题来了，为什么苏峻没有接受属下的建议，在攻占建康俘虏东汉朝廷后就将王导等人处死，甚至直接登基称帝呢？要回答这个问题，其实要从苏峻起兵叛乱的根本原因说起。很多史书上都是将苏峻作为叛军首领，这是以东晋官方的史学语言进行定义的。东晋史书认为，中书令庾亮以朝廷命令削除苏峻兵权，调他到建康当大司农。苏峻对兵权被剥夺表示不满，所以联合镇西将军祖约打起了清除庾亮的大旗，起兵攻打建康。可是如果以中国古代忠君爱国的立场来定义，苏峻根本不是叛军，反而是中书令庾亮更像个乱臣贼子。
庾亮是晋明帝司马绍皇后庾文君的哥哥，出身于北方南渡的大门阀颍川庾氏。司马绍英年早逝，临死前任命了多位顾命大臣，庾亮便是其中之一。晋成帝司马衍即位后，因为年仅五岁，便由皇太后临朝称制。庾文君以庾亮出任中书令，王导担任司徒，卞壶出任尚书令，组成了司马衍登基后的朝廷核心。由于庾亮是国舅爷当宰相，所以权倾朝野，王导和卞壶基本不管事，朝廷成了他的一言堂。这种情况让另一位顾命大臣，司马皇族出身的西阳王司马羕非常不满，于是双方展开了一系列权力斗争。
从东晋历史看，司马皇族与各大门阀的斗争由来已久，最为著名的就是晋元帝司马睿和晋明帝司马绍时期的两次王敦叛乱。东晋开国有“王与马，共天下”的说法，指的就是琅琊王氏掌控朝廷权力和军队，与司马皇族平分天下。当时王导为宰相权倾朝野，王敦为大将军手握兵权，司马睿几乎处于被架空的状态。司马睿也培养的自己人马，以从西晋难逃的司马诸王为后台，想要逐步削弱琅琊王氏对国家的掌控。但是因为筹备不周密，加上各大门阀都支持琅琊王氏，使得司马睿出兵讨伐王敦失败，反而被王敦的军队掌控了建康。
王敦控制建康后将司马睿软禁，东晋彻底成了琅琊王氏的天下。晋明帝司马绍即位后，一方面联合反对琅琊王氏的世家大族，另一方面则引入了北方难逃的流民军队。他得到这两方面军队的帮助后，平定了王敦之乱，让皇权重新回到司马皇族手中。在司马绍时代，东晋的政治格局是皇族与门阀互相制衡的，所以司马绍临终时让西阳王司马羕当了太宰，作为顾命大臣之首。但是在庾文君临朝称制后，庾亮联合门阀开始侵蚀皇族的权力，甚至打压和迫害皇族的宗室王爷，这就为后来的苏峻之乱埋下了大患。
庾亮迫害的宗室王爷中最为出名的便是南顿王司马宗，他是司马羕的弟弟，也是司马皇族的南渡五马之一。当年他们跟随司马睿南渡，建立了东晋，才有偏安的半壁江山。司马宗很受司马睿和司马绍父子的信任，在皇族中地位仅次于司马羕，掌握着很大的朝廷权力。司马绍执政时期，他让司马宗和虞胤掌管禁军，对他们非常信任，也表现出他对门阀世家的不信任。这其中司马宗是皇族宗王，而虞胤则是司马睿皇后虞孟母的弟弟。而虞孟母则是司马绍的养母，司马绍是她一手养大的，关系非常的密切。
司马宗掌握禁军军权，这让庾亮等门阀官员非常不满，所以他两次组织了对司马宗的弹劾，说司马宗有谋反的倾向。第一次实在司马绍时期，司马绍并没有太搭理他，不但没有对司马宗和虞胤降罪，反而更加信重。司马衍即位之初，司马宗升任骠骑将军，虞胤出任大宗正，成为皇族权力的代表人物。庾亮掌控朝廷大权后开始削弱司马宗二人的兵权，再次让御史中丞钟雅弹劾司马宗谋反。然后庾亮派右卫将军、从事中郎赵胤收捕司马宗，司马宗起兵反抗，兵败被杀。虞胤也被降职为桂阳太守，被迫离开建康。
司马皇族中除了司马宗和虞胤掌握的禁军之外，与司马羕联系密切的流民军队也是支持皇族的重要力量。这些流民军队中，苏峻和祖约就是代表人物。苏峻是寒门出身，本是西晋小吏。南逃后召集逃难的流民组建军队，抵抗北方胡人南侵。祖约是名将祖逖的弟弟，祖逖去世后他继承了哥哥的部曲，成为抵挡后赵军队南下的屏障。这些军队是西晋灭亡时，祖逖在河南招募流民组建的，也是北方南下流民军队的代表。他们的军队都受到以琅琊王氏为首的门阀军队的排挤，长期在一线抵抗侵略，却得不到公正的待遇。
在平定王敦之乱的过程中，司马绍引入了流民军队，也就对门阀军队形成了力量上的制衡。而苏峻和祖约也在平定叛乱中立下大功，成为司马皇族最为倚重的军队之一。在司马皇族和门阀士族的斗争中，军队是非常重要的底线力量，所以双方都在加紧对军队的建设和培养。司马宗兵败被杀后，司马羕只能把希望寄托在苏峻和祖约身上，让他们脱离朝廷的控制。这种情况让庾亮非常担心，所以此有了削弱苏峻和祖约军权的各种操作。而苏峻和祖约长期被朝廷门阀打压，对庾亮积怨已久，所以在司马羕的支持下发动了叛乱。
这场叛乱很多史书上说是因为苏峻和祖约反对庾亮而起兵反叛，实际上是司马皇族与门阀士族争夺国家控制权的斗争。当初司马宗被杀时，司马羕也受到牵连，不仅被剥夺了顾命大臣之首的地位，还被降封为弋阳县王。事情结束后不到半年时间，苏峻和祖约就发起了叛乱，而司马羕则率领皇族子弟对他们表示支持。从这些方面可以看出，苏峻实际上是以匡扶皇族作为起兵目的的，所以他不会冒然称帝。他攻占建康后，恢复了司马羕的爵位，继续承认司马衍的皇帝位，都代表了他在这政治上支持司马氏的立场。
这个立场实际上是符合中国古代忠君爱国的道德理念的，反而是庾亮用门阀势力架空皇帝的做法是权奸行为。此事从司马衍成年后跟庾亮的一次对话就能看得出来，他对于苏峻叛乱是看得很清楚的。当时司马衍问庾亮，为什么很久没有见过司马宗了。庾亮说司马宗谋反被杀，下面司马衍的回答却吓了庾亮一身冷汗。司马衍说“舅言人作贼，便杀之；人言舅作贼，当如何？”，这是诛心之论。司马衍敢说这个话，可见当时庾亮已经无法掌控朝廷了。实际上苏峻之乱后，陶侃等寒门军队的崛起，成为了司马皇族制衡门阀士族的新生力量。
因为这场叛乱不是简单的个人私怨，所以苏峻在叛乱中并非以个人私利为核心，而是作为保皇党的力量存在。苏峻不废除司马衍，恢复司马羕的爵位，是作为保皇党的基本操作。他不处死王导等门阀士族重臣，实际上是为了拉拢门阀士族，瓦解他们和庾亮的政治同盟关系。但长期以来，门阀士族之间大量联姻，早就成为了共荣共损的利益链，所以被他善待的王导也不会站在皇族一边。他们反而会为了门阀士族的利益，秘密调遣各地的门阀军队进入建康，与支持皇族的流民军队作战，以争夺国家的控制权。
综上所述，苏峻祖约之乱本质上不是叛乱，而是东晋统治集团内部的权力斗争。苏峻祖约被称之为叛军，只是被门阀士族控制的东晋朝廷的喉舌在写历史书时下的定义，他们本质上时支持皇族的军队。而东晋朝廷的军队，实际上时代表门阀士族利益的军队。双方的战争是内部冲突，并不是反叛和平叛，而是保皇与反皇。如果以封建社会的道德伦理来看，用门阀势力架空年幼的皇帝的事情证明，以庾亮、王导为代表的门阀官员才是真正的乱臣贼子。所以苏峻的军队善待皇族时正常操作，而平叛的朝廷军队才是反叛皇帝的主力。