1945年8月，日本投降。曹祥仁此时调到晋察冀根据地，主持军区二局的组建和运作。

1945年8月，日本投降。曹祥仁此时调到晋察冀根据地，主持军区二局的组建和运作。 1946年6月26日，国共全面内战爆发。二局侦听敌人密报，向军区首长聂荣臻罗瑞卿萧克，刘澜涛赵尔陆，耿飚提供可靠情报，但由于更多的人舍不得放弃张家口，对敌人战斗力估计不足，战术运用不当，一开始仗就没有打好，陷入被动。 1946年9月13日，跟随叶剑英工作军区作战科长杨尚德带来紧急情报（傅作义军队围攻张家口作战命令。）。 9月20日，聂荣臻发布关于保卫张家口战役部署的命令。，军区主力投入保卫张家口的战斗，十多天时间，歼灭李文军团1万多人。 此时，蒋介石将张家口划归傅作义管十二战区辖，调动了傅作义的积极性。二局及时侦听到这个情报。 接着，二局发现平绥路西段傅作义的两万骑四师等部的电台联络突然出现了静默状态。 对于侦听工作来说，截获敌报是情报，发现对方突然静默也是情报。 根据多年情报判断的经验，曹祥仁向军区首长聂荣臻报告，敌可能用骑兵部队迂回包抄袭击我军。 司令部二局局长彭富九对于没有破译傅作义的电报很纳闷不能 但是，“首长不信，竟然反问：‘你怎么知道的？’曹祥仁一再坚持，甚至发生争执，但仍未引起上级重视”。 北平和平起义后，彭富九找到傅作义的办公室主任，才知道傅作义的架了几台电台侧向，听无线电信号的强弱和声音大小，发现张家口西南有解放军主力，而张北方向无线电信号很弱。 曹祥仁的判断不幸言中，晋察冀军区部队仓促应战，作战失利。 6架飞机飞到张北虚张声势张家口。 10月，战后总结教训，军区领导聂荣臻承认：“对集中优势兵力歼灭敌人的思想，在战役指导上和战术指挥上均存在问题。” 蒋介石下令10月11日攻占张家口。 但问题仍然存在。1947年2月17日，军区三纵、四纵对姚村敌第九十四军发起总攻。二局侦得敌人两个师将增援姚村，遂向军区领导聂荣臻作了报告。 前指司令员同时接到了前线地面侦察报告，说姚村敌人已经突围，于是决定停止围攻，改为追击。 曹祥仁和彭富九都报告，电台侦听证实敌人没有跑，他们接连发出SOS求援电报，已无斗志，再坚持一下就能把敌人解决，敌人的援兵赶不到。 姚村被围，火速增援，非常危险。 但对方的答复竟然是：“地面侦察说跑了，你们整天坐在房子里知道什么！” 参加姚村战斗的指挥员杨成武和四纵队政委胡耀邦。 《破译科长》记载：“曹祥仁火冒三丈，说：不会当司令就让别人当嘛！最后双方都气得摔了电话。” 结果，煮熟的鸭子飞了。彭富九说：“为这个，二局的同志火了，因为在空中抓住敌人一个情报很不容易。” 看来，抓住情报和运用情报之间，还有一个互相信任、磨合和正确运用的过程。一旦获得情报，如何判断和决策就成了胜败的关键。 客观上敌人的机械化部队优势明显。主管上确实大兵团作战配合不行。 令曹祥仁萌生去意，要求到东北战场去。军区首长用军区副参谋长兼军区情报处处长的职务都没留住曹祥仁，最终还是放他走了。