军统抗日工作实际是在卢沟桥事变以后，戴笠于1937年7月中旬为在上海失陷后，针对敌后工作布置才急急忙忙进行，在此之前一直是为了巩固蒋介石个人的权利服务，完全没有针对日军。 当时的人员比较少，也就一百多人。为了吸引人。他们的工资待遇比一般军队要高，抗日时期，其他所有的军队政府工作人员工资打折发国难薪时，他们是按实照付，没有打折扣。而且伙食还有特别补助，夜班有津贴，比同级别的其他公务人员要高出一半，另外如果身兼有公职的话，比如警察局长、军队的军职收入以外，军统工资照发。 原来军统名字由陈立夫领导的军事委员会调查统计局，后来又成立了国民党中央党部调查统计局，才把这个单位名称给了戴笠，取代过去特务处或第二处。 戴笠宣称只要进了军统门，就永远不会担心失业，这一点非常重要。根据1941年统计，当时仅军校毕业而处于无业的军官就有二万多人。所以军统在军事人员的扩大，是具有一定的外在条件， 另外军统扩大渗入到各部门，军队、邮政、警察，税务，交通、政府财务……部门，也都是一些门面光鲜的职业，尤其是驻海外各国办事处。为此，通过以军事委员会名义，不断办警务邮政财务电讯……专业培训班的方式，迅速的扩大到三四万人。加上忠义救国军以及其他特务分支队伍又有十几万人。 军统隶属蒋介石侍从室第一处，由主任兼军统局长，戴笠只是副职，但所有历任主任局长，刻意也不去管他。 戴笠到了上海目的，也只是打算在日军侵入以后，在虹口，闸北吴淞口等处布置几个潜伏组。后撤退到安徽江苏交界的屯溪、歙县。成立了忠义救国军。再后来又改编为交通警察总队。 他在上海松江，青浦设立了两个训练班。另外成立了一些支队和联队。以苏浙行动委员会名义，这时候军统的人员扩大到3000人左右，开始迅速扩大，后撤退到安徽江苏交界的屯溪、歙县成立了忠义救国军，再后来又改编为交通警察总队。军统搬到重庆时，仅内务就有一千人。 开始在全国各地都设有办事处。有渝特区，西北区、华南区，越桂区，沿海区。自贡区，康定区，西昌站，以及桂林办事处，东南办事处，华北办事处，五原办事处。滇泰边境办事处，青海办事处，衡阳办事处，贵阳办事处。以及上海办事处，武汉办事处，北平办事处。在国外还有缅甸仰光纳戎，泰国曼谷，新加坡，菲律宾，越南，海防、西贡，美国，伦敦，巴黎等等。还有专门针对苏联驻重庆大使馆，塔斯社以及商务代表团的监事活动外事侦查组。 到了抗日中后期，军统的单位越设置越多，由军令部第二厅军事委员会特检处。以及分布在各地的邮件检查所，航空检查所。各战区别动军纵队，各战区的编练处和混成总队，各战区的司令长官部办事处，调查室以及陆军总部。远征军总部调查室，航空委员会政治部调查室，陆军大学调查组。新疆警备总部调查室，各集团军调查室，军的调查室，谍报参谋科。各省保安司令部以及保安处的调查科，兵工署警卫纠察，兵工厂的警卫纠察组及警卫大队。军统特务总队对外称为军事委员会特务第五团。 另外在财政部里面，各省市政府的调查室，国家总动员军法执行总监部经济检查处，以及检察大队，检查处的执行队。在警察方面有内政部的警政司，内政部警察总队监督处，刑警处及分局，它们分布在洛阳，郑州，西安，兰州，成都，贵阳，昆明迪化，还包括自贡、常德……市一级警察局，也是由军统人掌握， 交通方面，军事委员会水路交通统一检查处。西南运输处的警卫纠察处，滇缅公路警卫交叉处，滇越铁路警察总局，交通部总局警各公路紧救处组各运输处，铁道部。警备司令部，西南运输前西训练所等等。 由青红帮、地方流氓集团、以及四川袍哥组成人民动员委员会，后改名为中国新社会事业建设协会。 军统又通过查处税务局贪污案件，借机插入了税收机关。 军统对军队监督最严，即使在抗日时期，他们除了收集战场情报以外，还安排在军队内负责监督军队中的将领，如王耀武。李天霞等这些高级将领,就是胡宗南这样蒋介石亲信，身边警卫人员也是由军统派去的。这些单位统称为战地调查组，成员均由中央各军事学校毕业生以及调查处介绍的失业军官。一般配备组长，电台译电报务员，内勤、司书，交通
