东北抗联残军无奈退入苏联后，苏军高层提出一计保护抗联，却引起了周保中的高度警觉：我坚决不答应！ 随着日本开始全面侵华，为了扫除后顾之忧，日军开始对东北等地的抗日武装进行大规模围剿。在日军的猛攻下，大量的抗日根据地与游击区遭受重创，这使得东北抗联等武装遇到了巨大的困境。 此时，抗联已经失去了与中央的联系，长时间孤军奋战，部队损失极大。1940年9月，抗联的领导人周保中等人收到了苏联远东军的信，正是这封信件，改变了抗联的命运。 考虑到眼下的处境，周保中等人决定接受苏联的提议，分批撤入苏联境内。此前，苏联为了避免两线作战，一直对日本采取中立态度，可随着德军在西面攻城掠地，日本的行动也变得更加疯狂。 他们在边境一带不断挑衅，给苏联带来了不小的麻烦，为了解决东部的隐患，苏联决定与抗联合作。尽可能保留发展这支抗日武装，他们必然能给日本人带来更大的麻烦，苏联也急需抗联提供日本人的情报。 于是，双方经过多次协商达成了一致，周保中等人指挥着抗联部队顺利撤入了苏联境内。然而这件事从一开始就存在着不少争议。 早在双方协商合作的时候，抗联内部就有很多人指出部队需要保证独立性。毕竟抗联是中共领导下的抗日武装，他们不希望苏联远东军干涉过多。 考虑到这一点，周保中在撤入苏联后，也曾多次提出要求恢复与延安方面的联系，可这件事一直没有得到落实。 1941年初，抗联的部队已经全部进入苏联境内，苏联方面特意选了两个驻屯所作为抗联的驻地。他们的驻地处在黑龙江边，位置相当隐蔽，对于急需休养生息的抗联来说，这样的安排非常到位。 随后在周保中等人的指挥下，抗联战士们自己动手伐木盖房、开荒种地，建立临时休整基地，进行政治、文化学习和军事训练。 当然，他们并没有忘记自己的使命，周保中将休整好的部队，以小分队的方式回国，参与并指挥南满等地的抗日活动。 随着苏德全面开战，日本也不断往东北增兵，这让抗联在东北的处境更加艰难，不得不将全部主力都调了回去。 苏联方面也决定让抗联在苏军的帮助下，进行全面整训，提升他们的作战能力。 然而，双方的合作一开始就存在着诸多隐患，比如抗联许多人最关心的独立性问题，从一开始就没有得到苏联的保障。 一次双方代表举行的会议中，苏军的代表瓦西里就以苏中抗日一致性的问题，提出把中共东北党组织和抗联部队按地区分到苏联远东边防军的各军分区去统一指挥，不再保存自己的组织系统。 他的这番话引起了周保中的警惕，周保中意识到苏联是想以这种保护名义，彻底掌握抗联的领导权。真按他们说得去做，那抗联之后就彻底沦为苏军的附属部队，周保中在会上直接就拒绝了瓦西里，并不断向苏联方面施压。 他的坚持取得了不错的效果，抗联将士们态度如此坚决，苏联方面也选择了妥协，并按照周保中等人的要求，撤掉了瓦西里的职务。 可双方的合作是必然的事情，为了彻底解决这些问题，双方开始了多次的谈判。最终大家达成了一致，抗联等部队编入到苏军的战斗序列，这样可以享受到苏军后勤系统的支持，部队改用苏军的番号。 既然不公开使用抗联的名号，日本人也就没有什么理由去对付他们，苏军同时派遣军官到抗联部队中，担任各级部队的副职。 如此一来，苏联就负责了抗联的后勤与军事训练等部队建设工作，而大家关心的领导权问题，苏联方面同意部队的实际领导由抗联党委独立行使，苏联方面不会干涉。 就这样，周保中等人带领部队在苏联境内开始了发展，有了苏军的支持，抗联部队发展得非常成功。期间，周保中也曾提出可以到西线帮助苏联对付德国，他的提议没有被苏方接受。 大家也想要回到东北，继续参加抗日战争，苏联担心这么做会破坏与日本的关系，也没有同意此事。直到1945年8月，苏军对日开战前，周保中等人才终于接到了斯大林的命令，批准他们回到东北对日作战，还将建设东北的工作交给了他们。 他们非常高兴，立即开始了准备工作，抗联战士与日本打了多年的交道，非常熟悉日军的情况。战斗开始后，抗联部队成为先遣队，与苏军一同消灭了大量的关东军，顺利解放了东北各地。 他们也成功在东北建立了一系列重要据点，为中共进军东北打下了良好的基础，周保中等人经过了多年的孤军奋战，也终于等到了重回中央的那一天。
