窝阔台还在位时,贵由与拔都等人在军中设宴犒劳军士。拔都先举杯喝酒,贵由对拔都的举动感到不满当众诟病他。拔都听后,派使臣将这件事告诉太宗窝阔台。窝阔台大怒,决定将贵由贬为探马赤(作战先锋官),并安排在边远的地方任职。忙该及阿勒赤歹、晃豁儿台、掌吉等诸王上书劝谏:成吉思汗立过祖训,家务事家里人自行解决,家外事交给外人解决。此事属于外事,他们要求窝阔台将惩治权交给拔都。窝阔台听从了他们的建议。最终拔都作出退让,但他的心中对贵由还是有怨气的。
贵由汗登基时,有一位意大利方济各会教士柏郎嘉宾在场。登基后,贵由召见了他。柏郎嘉宾向贵由汗呈递了教皇致蒙古大汗的信件,教皇在信中指责蒙古人蹂躏基督教国土,应该弃恶从善、皈依基督教。对此,贵由汗驳斥了教皇的斥责和劝诫,将蒙古人军事征服的成功归功于长生天的保佑。贵由强调说:“若你(教皇)接受和平,愿意把你的城堡交与我们,你教皇和基督教王公当立即前来见我缔和,然后我们将知道你希望与我们保持和平。”柏郎嘉宾听到这些话后对贵由大汗肃然起敬。事后,柏郎嘉宾带着贵由给教皇的回信归国复命,于1247年返回了西方。
元朝定宗二年(1247年)八月,贵由派野里知吉带征讨西域(今甘肃敦煌玉门关以西地区)。次年三月,贵由以身体不佳,叶密尔河的水土有利于养病为由,亲率大军离开都城,开始西征。他还没到别失八里(今新疆吉木萨尔县)病情就开始加重,最终在横相乙儿去世,享年四十三岁。至元三年(1266年),元世祖忽必烈将贵由的庙号确定为定宗,并追谥其为简平皇帝。关于贵由的死因,一般人认为贵由是因病去世,然而根据法国教士鲁不鲁乞的记载,贵由是被拔都派人刺杀的。