窝阔台还在位时，贵由与拔都等人在军中设宴犒劳军士。拔都先举杯喝酒，贵由对拔都的举动感到不满当众诟病他。拔都听后，派使臣将这件事告诉太宗窝阔台。窝阔台大怒，决定将贵由贬为探马赤（作战先锋官），并安排在边远的地方任职。忙该及阿勒赤歹、晃豁儿台、掌吉等诸王上书劝谏：成吉思汗立过祖训，家务事家里人自行解决，家外事交给外人解决。此事属于外事，他们要求窝阔台将惩治权交给拔都。窝阔台听从了他们的建议。最终拔都作出退让，但他的心中对贵由还是有怨气的。
贵由汗登基时，有一位意大利方济各会教士柏郎嘉宾在场。登基后，贵由召见了他。柏郎嘉宾向贵由汗呈递了教皇致蒙古大汗的信件，教皇在信中指责蒙古人蹂躏基督教国土，应该弃恶从善、皈依基督教。对此，贵由汗驳斥了教皇的斥责和劝诫，将蒙古人军事征服的成功归功于长生天的保佑。贵由强调说：“若你（教皇）接受和平，愿意把你的城堡交与我们，你教皇和基督教王公当立即前来见我缔和，然后我们将知道你希望与我们保持和平。”柏郎嘉宾听到这些话后对贵由大汗肃然起敬。事后，柏郎嘉宾带着贵由给教皇的回信归国复命，于1247年返回了西方。
元朝定宗二年（1247年）八月，贵由派野里知吉带征讨西域（今甘肃敦煌玉门关以西地区）。次年三月，贵由以身体不佳，叶密尔河的水土有利于养病为由，亲率大军离开都城，开始西征。他还没到别失八里（今新疆吉木萨尔县）病情就开始加重，最终在横相乙儿去世，享年四十三岁。至元三年（1266年），元世祖忽必烈将贵由的庙号确定为定宗，并追谥其为简平皇帝。关于贵由的死因，一般人认为贵由是因病去世，然而根据法国教士鲁不鲁乞的记载，贵由是被拔都派人刺杀的。
