1950年，顾祝同跑到台湾后，他的死对头陈诚就上报蒋介石，说：“总统，顾总长德高望重，应该让他回到大陆主持大局（收拾残局）！”
陈诚和顾祝同一向不和。
国民党内部派系林立，陈诚属于保定系，顾祝同虽然也是保定军校学生，却是何应钦的盟友。
而何应钦是士官系，与陈诚的保定系天然对立，受派系影响，陈诚对顾祝同就存在敌意。
除了派系对立外，在解放战争中，陈诚和顾祝同也存在了很多矛盾。比如孟良崮战役中，陈诚就越级指挥汤恩伯兵团，还架空了顾祝同的权力。
整编74师被困孟良崮时，原本顾祝同是有机会修改陈诚制定的“中心开花”战术。
不过因为顾祝同对陈诚有意见，就没有修改，而是消极应对，间接导致了整编74师被覆灭。
战后，顾祝同和陈诚互相推卸责任，陈诚说顾祝同消极应战，顾祝同又说是陈诚越级指挥才导致了惨败，导致两人都被蒋介石怪罪。
不久，陈诚去了东北主持军政，结果，在陈诚上任期间，国民党在东北全面溃败，打了很多败仗。
蒋介石知道后，就带着顾祝同一起去了沈阳，还在沈阳开了会议。谁知，在会议现场，却有人站了出来，还高声大喊：“不杀陈诚，不足以谢天下！”
陈诚听到这个声音，脸色一黑，随即他就认为，是顾祝同指使他人这样干的，经此一事，陈诚对顾祝同的不满，就达到了极致。如有机会，陈诚肯定会除掉顾祝同，甚至会制造机会除掉他。
而国民党败退台湾后，对陈诚来说，除掉顾祝同的机会就有很多，因为当时陈诚是台湾省主席。
到了台湾后，蒋介石依旧信任陈诚。
1950年3月，顾祝同跑到了台湾，当时，顾祝同的职务是陆军总长，他的威望还在。
陈诚虽然主持着台湾的事务，可他却担心顾祝同会对他造成威胁，所以陈诚就想除掉顾祝同。
与此同时，蒋介石逃到台湾后，依然做着反攻大陆的春秋大梦。解放战争初期，国民党占据优势尚且无法占到便宜，现在成了丧家之犬，却想打败解放军，简直就是痴心妄想，谁都知道，蒋介石反攻大陆的想法，纯粹是异想天开、痴人说梦。
但在大陆，还有一些国民党的残部，蒋介石需要象征性地维护这些残部，不然所谓的反攻大计，那就真的是春秋大梦了。在这种背景下，陈诚就想到了一个除掉顾祝同的好机会，他想借刀杀人！
于是，陈诚就去找了蒋介石，和他说了“需要派资深‘要员’主持后事”的事情。
在提到“资深要员”时，陈诚就举荐了顾祝同：“总统，顾总长就是最合适的人选，他德高望重，派他去大陆，定能稳住人心，利于他日的反攻。”
在陈诚的大力举荐下，蒋介石若有所思，随即决定派顾祝同去大陆收拾残局。
顾祝同听完，顿时就不干了。
以顾祝同的智慧，一眼就看出这是陈诚的阴谋，或者说是阳谋，不管顾祝同拒绝与否，都不合适，都会中了陈诚的圈套，这是一条毒计！
以当时的情况，一旦顾祝同去大陆，十有八九就是有去无回。但如果不去，则会落人口实，到时候陈诚就会以“怯战”为罪名，让顾祝同失去地位。
总之，不管顾祝同拒绝与否，都无好下场。
与性命相比，地位就没那么重要了，想到这，顾祝同就让妻子许文蓉去找宋美龄求情。许文蓉与宋美龄交好，她哭哭啼啼地对宋美龄说：“墨三（顾祝同的字）年老体衰，让他去大陆，他哪里受得住，我怕他死在了大陆，若墨三死了，我也不活了！”
宋美龄听了以后，觉得许文蓉有些可怜，就去找了蒋介石。同一时间，顾祝同也没闲着，他去找了亲信、陆军副总司令的汤尧，对他说了去大陆的种种好处，让汤尧主动请缨，以图一个好的前程。
汤尧在顾祝同的诱惑下，就去找了蒋介石，主动提出去大陆“主持大局（收拾残局）”。
蒋介石见宋美龄替顾祝同求情，而汤尧又主动去大陆，就没有再说什么。结果，汤尧去大陆后，就被解放军逮捕了，如果去大陆的是顾祝同，那么顾祝同也会成为解放军的阶下囚。
顾祝同虽然没去大陆，但因为陈诚的针对，他在台湾的地位越来越低，威信也大不如从前。
在陈诚的运作下，顾祝同先后被免去了参谋总长和陆军总司令的职务，改任总统府战略顾问委员会副主任，这个顾问委员会，其实是养老机构，给那些逃到台湾但没有实权的国军高级将领养老用的。
在这里，顾祝同几乎不用干啥，薪水照领。
虽说担任虚职，还成了国民党的边缘人物，但对顾祝同来说，他的结局还算体面。
后来，顾祝同更是以96岁高龄病逝于台湾。
