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1947年2月，在报请中央批准后，王树声等南路部队主要领导人化妆分散转移，王树声先后经武汉、南京、上海最后到达山东解放区，后赶到山西晋城，参加完中原局举行的晋城高干会议后到晋冀鲁豫医院养病。

在养病期间，战争形势飞速发展，刘邓大军千里跃进大别山，揭开了人民军队战略反攻的序幕，王树声麾下的原部队也都被编入了晋冀鲁豫野战军，投入了恢复和发展大别山根据地的斗争。

王树声此时也坐不住了，向中央请缨回到前线指挥部队作战。

此时刘邓大军已经在大别山实行战略展开，建立各级基层政权，并抽调2个旅部、9个整团、3个教导团以及原新四军第五师坚持大别山斗争的一部分游击队2万人组成鄂豫军区部队，由王树声担任司令员，后来的开国上将郭天民担任军区副司令员。


到了1948年2月下旬，刘邓大军主力由大别山向淮河以北的地区转移，留下王树声率领鄂豫军区部队坚持大别山的斗争，王树声又开始独当一面指挥作战。

一直到1949年1月淮海战役结束时，鄂豫军区部队在王树声的率领下，歼灭国民党正规军及地方武装近万人，缴获大量枪支弹药、军需物资，还解放了黄安、金寨等九座县城，有力地配合了淮海战役的进行。

渡江战役结束后，1949年5月12日，中央决定，以中原局为基础成立华中局，将中原军区领导机关与第四野战军领导机关合并，改称第四野战军兼华中军区，接着又以江汉军区、桐柏军区、鄂豫军区合并，成立湖北军区，率属于第四野战军兼华中军区指挥。

湖北军区由李先念任司令员兼政委，王宏坤、王树声任副司令员，下辖4个师、1个警卫团等地方部队共12万人，相当于四野一个兵团的规模。

湖北军区成立后首要任务就是剿匪，而且是首先剿灭大别山地区的土匪，当然剿匪也是当时全国新解放地区的首要军事任务。


可别以为大别山是红四方面军的诞生地，是曾经辉煌的鄂豫皖根据地就没啥土匪了，那是在国共十年内战时期，实际上经过十几年的抗战和解放战争，国民党在大别山地区的统治还是很牢固的，而中共的势力在大别山区则是劣势。

大别山地区特殊的地理环境本身就很容易发动游击战争，对中共军队如此，对国民党军队也是这样，所以当国民党军从大别山败退时有计划的留下了部分武装人员组织土匪武装，发展到近2万人，对外号称十万铁军，到处破坏新生的人名政权，十分猖獗。

作为土生土长的大别山人，李先念、王树声等对大别山的匪患相当重视，1949年8月上旬，经过华中军区与鄂豫皖3省协调，在湖北军区成立了鄂豫皖边区剿匪指挥部，王树声任司令员兼政委，开始了大规模的剿匪工作。


到1950年春天，大别山地区的土匪基本上被消灭，从1949年9月到1950年3月长达7个月的时间，鄂豫皖边各线剿匪部队在王树声的指挥下，共歼匪1.5万人，缴获大量枪支弹药，大别山又重回人民的怀抱。

大别山地区的土匪消灭后，王树声又将剿匪重点转移到匪患比较严重的鄂西地区，进过艰苦的清剿，到1952年12月，湖北省匪患终于被彻底肃清，王树声指挥剿匪部队共剿灭土匪6.4万人，为湖北省的稳定和发展做出了不可磨灭的贡献。

早在1950年5月，王树声就接替了李先念担任湖北省军区司令，负责湖北全省的军事工作，而李先念则主抓地方工作。到1954年，王树声又担任了中南军区第三副司令，要知道此时中南军区司令员为101，第一副司令员为叶帅，第二副司令为黄永胜，王树声、陈再道分任第三、四副司令，这个职务不低了。同年9月，国防部成立，王树声又担任了国防部副部长，协助彭老总工作。