1948年，开封解放前夕，河南大学做出一个破天荒的决定，举校南迁，3000多名师生在校长带领下转移到了苏州，这一举措将河南大学彻底钉上了历史。
 
1948年6月，开封战场局势越来越紧张，河南大学作为当时中原唯一完整的国立综合性大学，有文、理、工、农、医、法六个学院，十六个系，校内还存放着大量图书、实验仪器，一旦遭遇战火，几十年积累的教学家底会全部损毁。
 
南京教育部正式下发迁校通知，硬性规定9月1日前必须全员到苏州报到，逾期不前往的师生直接取消学籍、停发办学经费，没有折中商量的余地。
 
校长姚从吾接到指令后，第一时间召开校务全体会议，六大学院院长、各系主任全部到场开会，统一敲定南迁全套安排。
 
学校没有仓促动身，先安排专人打包教学物资，各类书籍、实验器械等，同步划分多条转移路线，分批安排师生出发，避免人群扎堆在路上出危险。
 
整个迁移过程分多批进行，7月到8月初所有人陆续抵达苏州，其中部分家境困难学生分段徒步赶路，一路上吃住没有保障，赶路途中只能简单凑干粮充饥，长途跋涉几十天，脚上磨出厚茧，还有携带家属的教师，一边照看家人一边看护学校物资，全程不敢松懈。
 
抵达苏州之后，当地热心乡绅张钫出面协调场地，学校没法统一搬进正规校舍，只能拆分安置，校本部定在怡园，理学院用顾家祠堂，农学院设在狮子林周边，文学院落脚沧浪亭，医学院、工学院分别租用当地仓库和旧校舍。
 
即便环境简陋，学校没有耽误教学进度，1948年10月10日，河南大学在苏州如期举办开学典礼，正式复课，借着苏州靠近南京、上海的文化优势，学校特意邀请钱穆、顾颉刚、郭绍虞等知名教授到校长期授课，还定期邀请各地学者到校开展讲座，课堂教学、实验课程全部正常开展。
 
当时校内师生分成两种截然不同的选择，大部分人跟着校长前往苏州，也有嵇文甫、王毅斋等一批进步教师，不愿跟着学校南迁，主动辞去教职，带着部分学生前往豫西解放区，后来这批人参与创办中原大学。
 
1948年12月，校长姚从吾身体支撑不住，高血压、心脏病接连发作，递交辞职信离开苏州，由教务长郝象吾代理校长维持日常校务。
 
转过1949年初，国民党战局急转直下，教育部再次下发命令，要求河南大学从苏州转往广州，之后再搬迁至台湾，消息传到校内，3200多名师生集体拒绝执行新的迁校指令，所有人一致决定留在苏州，不再继续向南转移。
 
1949年4月27日苏州解放，当地军管会主动对接河南大学，全力保障校内教学秩序不受干扰，同年6月，河南省政府专门派人前往苏州，协调车辆、渡船，分批护送全部师生、教学物资原路返回开封，可最后北归开封的在校师生仅 1200 余人，剩余一千七百余人在苏州就地参军、参干、留江南工作。
 
很多人直到现在，还简单把这次迁校说成仓皇南逃，这个说法其实不够客观，当年学校南迁，一方面是官方强制命令，不服从就要彻底停办，中原地区会直接失去唯一国立大学；另一方面校方全程完整保存所有教学设备、藏书，没有拆分流失师资，到苏州之后坚持正常开课，保住了完整的办学根基，没有让中原文脉因为战争断掉。
 
官方信源： 人民教育出版社《1948—1949年河南大学迁徙苏州办学考述》