1679年，刚从青海撤兵回来的噶尔丹，集结了三万兵力攻打天山以南的叶尔羌汗国。清朝边将张勇奏报此事后，康熙给他的答复是，噶尔丹兵强马壮，那里的情况复杂难测，你们不要轻举妄动，守住边疆就可以了。这时清朝正忙着平定三藩之乱，虽然此时吴三桂已死，战事已经接近尾声，但是三藩之乱消耗了清朝大量人力物力，康熙肯定不想再发动一次劳民伤财的远征了。
叶尔羌汗国是从东察合台汗国分裂出来的，由察合台后裔建立的政权。在吞并了同为察合台系的吐鲁番汗国后，叶尔羌汗国成为当时疆南最强大的政权，可以将其看成是东察合台汗国的延续。
准噶尔部崛起时，叶尔羌汗国陷入了长期内斗之中，其内部“黑山派”与“白山派”两大派系你来我往、互相倾轧，各自拥立自己支持察合台后裔，把叶尔羌汗国政局搅得天翻地覆，这导致其实力早已大不如前。
1670年，当准噶尔部首领僧格被害之时，叶尔羌汗国的“黑山派”夺得了政权。之后，“黑山派”开始大肆驱逐、残杀“白山派”成员。“白山派”首领阿帕克和卓被迫离开叶尔羌汗国，在中亚、准噶尔、青海、甘肃等地四处流浪，暗中继续力量，寻找靠山，企图东山再起。
1678年左右，阿帕克和卓从克什米尔地区来到西藏，向五世达赖寻求帮助。五世达赖把他推荐给了噶尔丹，希望噶尔丹能出兵攻打叶尔羌汗国，帮助阿帕克和卓领导的“白山派”恢复权势。
当时噶尔丹正想着要对外扩张，之前出兵青海还没打就退兵了，满肚子火正无处发泄呢。正巧碰上此事，他二话没说，领兵就翻越了天山，攻下吐鲁番和哈密后，准备彻底征服叶尔羌汗国。
1680年，经过短暂休整后，噶尔丹再次挥师南下，经过乌什、阿克苏，攻下了喀什噶尔（今喀什东南郊区），之后在“白山派”成员们的支持下，很快又拿下了叶尔羌城（今莎车）。叶尔羌汗国统治者伊思玛业勒汗与其家人战败被俘，噶尔丹把他们全部送往伊犁软禁起来。
推翻叶尔羌汗国的“黑山派”政权后，噶尔丹又扶植了一个察合台后裔为傀儡汗，让“白山派”首领阿帕克和卓“辅佐”这个傀儡统治叶尔羌。至此，叶尔羌汗国实际上已经是名存实亡了。
