1923年3月，孙中山自上海返抵广州，随即着手组建“海陆军大元帅大本营”，作为战时最高统帅机构。该大本营通过委任方式整合部分武装力量，旨在推进北伐统一大业，但因军事实力分散，成效有限。其名义上统辖军队有：

1、中央直辖陆军

第1军军长 朱培德，云南楚雄人，驻粤滇军核心将领。他于1922年4月受命率滇军从韶关进入江西北伐，连克吉安等地。6月陈炯明叛变时，他立即回师讨伐。至1923年4月，朱培德联合杨希闵等滇军将领发起二次讨陈行动，终驱陈炯明集团，助孙中山复任大元帅。

第2军军长 黄明堂，壮族，广东钦州（今属广西）人，原会党领袖。至1922年陈炯明叛乱时，他被孙中山任命为南路讨贼总司令。

第3军军长 卢师谛，四川成都人，原四川靖国联军副总司令，1920年夏联合石青阳等讨伐熊克武，失败后去上海。至1922年陈炯明叛乱时，奔走于桂、滇两省，积极联络各方力量共商讨陈事宜。

第4军军长 梁鸿楷，广东新兴人，原粤军陈炯明部将领。1922年3月，粤军总司令部参谋长兼第1师师长邓铿遇刺后，陈炯明任命梁鸿楷代理第1师师长，不久正式升任师长，并兼任广州卫戍副司令。

第5军军长 李易标，广东防城人，原桂军林虎部将领，1920年所部编入粤军杨坤如部，后转投桂军沈鸿英部。

第6军军长 沈荣光，广西雒容人，沈鸿英长子，旧桂系将领。

第7军军长 刘玉山，广西武宣人，原同盟会成员。

警备军军长 姚雨平，广东平远人，同盟会元老，广东民军将领。

广东宪兵司令 陈可钰，广东清远人，粤军将领。

2、桂军

桂军总司令 沈鸿英，广西雒容人，旧桂系核心将领。岑春煊与孙中山和睦之际，沈鸿英率部联合桂军、滇军入粤，参与驱逐陈炯明行动。然其割据之心未泯，对孙中山命令虚与委蛇，终致反目。

桂军总司令 刘震寰（后），广西柳州人，原同盟会成员，旧桂系将领，第二次粤桂战争期间率部引粤军入桂，被陆荣廷残部咒骂是“反骨仔”、“吴三桂第二”。

3、川军

川军总司令 刘成勋，四川大邑人，川军武备系代表人物，1922年受熊克武拉拢，被推举为川军总司令。

川军讨贼军总司令 熊克武，四川井研人，川军九人团首脑，1918至1924年为四川省实际统治者。

川军讨贼军总指挥 赖心辉，四川三台人，川军头目，熊克武军事盟友。

4、湘军

湘军总司令 谭延闿，湖南茶陵人，湘军谭延闿派首领，原为湖南地方实力派，1920年11月被赵恒惕驱逐，后率部南下追随孙中山。

湘军总指挥 鲁涤平，湖南宁乡人，湘军谭延闿派二号人物。

5、粤军

粤军总司令 许崇智，广东番禺人，粤军许崇智派首领，孙中山重要军事助手。

6、滇军

滇军总司令 杨希闵，云南宾川人，滇军将领。1922年随滇军顾品珍残部赴广东投靠孙中山。

7、各路北伐军

西路北伐军总司令 刘震寰

东路北伐军总司令 许崇智

江西北伐军总司令 魏邦平

四川北伐军总司令 熊克武

湖南北伐军总司令 谭延闿

山陕北伐军总司令 路孝忱

湖北北伐军总司令 孔庚

皖苏北伐军，第2军柏文蔚、第3军胡谦，第4军颜忠琛

闽浙赣边防督办 李烈钧