所谓“闽系”海军，特指清末民初由马尾船政学堂毕业的闽籍将领主导的海军力量‌。这一时期，闽籍军官几乎垄断了从舰长到总司令的海军各级职位，使“闽系海军”一度成为中国海军的代名词。1917年，程璧光、林葆怿率第一舰队南下广州支持护法运动，导致闽系海军首次分裂，并衍生出粤系海军。此后，“闽系海军”虽名称未变，但实际控制力已大幅削弱。

1923年底，广州护法海军司令温树德率“海圻”、“海琛”等六舰北上归附吴佩孚，在青岛另组渤海舰队。第二次直奉战争后，渤海舰队为张作霖接收，成为东北系海军分支力量。南京国民政府成立后，蒋介石为制衡各方势力，维持闽、粤、东北三系并立，并于1930年代另建电雷系，作为自己的嫡系。故从1917年至抗战爆发的“闽系海军”，实指仍由闽籍将士主导、直属中央政府的海军力量。

1885年，清廷在北京设立海军衙门，中国海军始有统一建制。此后，清政府倾力建成福建、北洋、南洋三支水师，一度跃居亚洲海军实力之首。然而清廷腐败与治军无能 ，致使福建水师在1884年中法马江海战中全军覆没（重建后形同虚设），而实力最强的北洋水师亦在1895年甲午海战中遭毁灭性打击。

1895年后，清政府向英、德、日等国订购“海圻”、“海天”等五艘巡洋舰，重建北洋水师。1909年，载洵与萨镇冰受命筹办海军事务处，并拨款700万两重建海军。民国成立时，海军已初具规模，北洋政府将各地舰队整合为第1（海防）、第2（江防）及练习舰队。此后，海军依附帝国主义支持的北京政府，沦为军阀混战的工具。

从清末至民国，海军长期由闽籍人士主导。清末海军将领多为闽人，北洋军阀时期六位海军总长及南京国民政府时期两位海军部长中，除程璧光（粤籍）外，刘冠雄、萨镇冰、李鼎新、林建章、杜锡圭、杨树庄、陈绍宽等人均来自福建闽侯或长乐；海军总司令、舰队司令及各级官兵亦以闽籍为主。南京国民政府海军部也具有浓厚的闽系色彩，以1936年9月制定的“海军部职员录”为例，部机关13名将官中12人、88名校官中54人为闽籍；225名军官中闽籍占比达73.8%。

此外，闽系海军又以“马尾系”为核心，因海军是专业性很强的兵种，尤其是军官，都必须是海校毕业，罕有例外。而中国最早的海军学校是1866年左宗棠、沈葆桢在福州马尾创办的“福州船政前后学堂”，该校培养出首批以闽籍为主的海军精英，后这批人才散布到各海校和舰队。据统计，1866至1922年间，天津、南京、烟台等海校几乎均由闽人主导，仅马尾海校毕业生就占清末民初海军军官总数的60%。此后无论政权更迭，海军指挥权始终由马尾系闽人掌控，这种地域性垄断自清末延续成为传统。

北洋军阀时期，闽系海军在政局动荡影响下，内部矛盾纷繁复杂，派系丛生，倾轧谋权，几度分裂。到1926年北伐前，已形成闽（马尾）、东北（青岛）、粤（黄埔）三系鼎立的局面。尽管闽系仍控制海军部并自居正统，但垄断全国海军的局面已彻底瓦解。