抗日战争时期，行营以及行辕均为国民政府军事委员会派出机构。其与战区司令长官司令部、绥靖公署等完整军政机构不同，机构设置较为精简，核心职能为传达命令、汇报情况、综合协调，本质是战区指导机构而非指挥层级。

军事委员会委员长驻武昌行营，于1935年3月在湖北武汉成立，主要负责河南、湖北、安徽境内的作战指导与编练工作。1938年6月裁撤。

历任主任：

何成浚（首任），湖北随州人，日本陆军士官学校毕业，陆军二级上将（1935年4月授予）

军事委员会委员长驻重庆行营，于1935年10月在四川重庆成立，主要负责四川境内驻军的作战指导与编练工作，1938年2月移驻成都。1939年2月裁撤。

历任主任：

贺国光（首任），湖北蒲圻人，四川陆军速成学堂毕业，陆军中将（1935年4月授予）

张群（1938年8月任），四川华阳人，日本陆军士官学校毕业，国民党元老，新政学系核心人物。

军事委员会委员长驻广州行营，于1936年9月在广东广州成立，主要负责处理“两广事变”后的善后事宜，以及广东、广西境内驻军的编练工作。1937年8月改组为第4战区司令长官部。

历任主任：

何应钦（首任），贵州兴义人，日本陆军士官学校毕业，陆军一级上将（1935年4月授予）

军事委员会委员长驻西安行营，于1937年1月在陕西西安成立，主要负责处理“西安事变”后的善后事宜，以及陕西、甘肃、青海境内驻军的编练工作。1939年1月改组为第10战区司令长官部。

历任主任：

顾祝同（首任），江苏涟水人，保定陆军军官学校毕业，陆军二级上将（1935年4月授予）

蒋鼎文（1937年11月任），浙江诸暨人，浙江陆军讲武堂毕业，陆军二级上将（1935年4月授予）

军事委员会委员长驻石家庄行营，于1937年7月在河北石家庄成立，主要负责指导河北、察哈尔境内驻军的对日作战指导工作。同月20日改组为保定行营驻石家庄办事处。

历任主任：

徐永昌（首任），山西崞县人，武卫左军随营学堂毕业，陆军二级上将（1935年4月授予）

军事委员会委员长驻保定行营，于1937年7月在河北保定成立，主要负责指导河北、察哈尔境内驻军的对日作战指导工作。1938年8月改组为第1战区司令长官部。

历任主任：

徐永昌（首任）

军事委员会委员长驻桂林行营，于1938年12月在广西桂林成立，主要负责指导第3战区、第4战区和第9战区的对日作战事宜，曾指挥桂南会战。1940年5月裁撤，机关缩编为军事委员会委员长驻桂林办公厅。

历任主任：

白崇禧（首任），广西临桂人，保定陆军军官学校毕业，陆军二级上将（1935年4月授予）

军事委员会委员长驻天水行营，于1939年1月在甘肃天水成立，主要负责指导第1战区、第2战区、第8战区、第10战区、冀察战区和鲁苏战区的对日作战事宜。2月移驻西安。1940年5月裁撤，机关缩编为军事委员会委员长驻西安办公厅。

历任主任：

程潜（首任），湖南醴陵人，日本陆军士官学校毕业，陆军一级上将（1939年5月授予）

军事委员会委员长驻成都行营，于1939年2月在四川成都成立，主要负责四川驻军的督导与编练事宜。1946年4月裁撒。

历任主任：

贺国光（首任）

张群（1940年11月任）

军事委员会委员长驻西昌行营，于1939年2月在西康西昌成立，主要负责边防督导与联络工作，该机构仅辖总务组、第1组（军事）、第2组（经理）和调查组。1946年4月裁撤。

历任主任：

张笃伦（首任），湖北安陆人，保定陆军军官学校毕业，陆军中将（1940年12月授予）

军事委员会委员长驻昆明行营，于1939年12月在云南昆明成立，主要负责边防督导与云南驻军的编练工作。1945年10月裁撤。

历任主任：

龙云（首任），彝族，云南恩安人，云南陆军讲武学堂毕业，陆军二级上将（1935年4月授予）

军事委员会委员长驻赣州行营，于1945年1月在江西赣州成立，主要负责指导第3战区、第7战区和第9战区的对日作战事宜，曾指挥江西、浙江地区的反攻。同年10月裁撤。

历任主任：

顾祝同（首任）

军事委员会委员长驻汉中行营，于1945年2月在陕西汉中成立，主要负责指导第1战区、第5战区和第10战区的对日作战事宜。同年9月裁撤。

历任主任：

李宗仁（首任），广西临桂人，广西陆军速成学堂毕业，陆军一级上将（1935年4月授予）