东南亚地区拥有多所实力强劲的高校，其中新加坡国立大学和南洋理工大学堪称学术界的“双子星”，在综合实力和国际认可度上位居前列。

新加坡国立大学（NUS）是东南亚地区综合实力最强的大学，在2025年QS世界大学排名中位列全球第8位，不仅是东南亚唯一进入全球前十的高校，也是亚洲地区的顶尖学府。该校拥有17个学院，涵盖工程与技术、生命科学、社会科学等多个领域，其中电子工程、化学工程常年稳居QS学科排名全球前五，与杜克大学合办的医学院在癌症研究领域具有国际影响力。

南洋理工大学（NTU）紧随其后，位列全球第15位。该校以应用型学科见长，材料科学专业在2025年QS排名中位列全球第一，工程学院与宝马、劳斯莱斯等企业建立了联合实验室。在创新创业领域，NTU孵化的科技企业数量连续五年位居亚洲前三。

马来西亚的高校也表现出色，共有41所院校入选QS世界排名。马来亚大学（UM）是马来西亚唯一进入QS全球前100的高校，位列第65位（2024年数据），尤以语言学、伊斯兰研究著称。博特拉大学（UPM）在农业与林业学科排名全球前五十，拥有东南亚最大的农业实验基地。泰莱大学作为私立院校代表，酒店管理专业与瑞士洛桑酒店管理学院合作办学，毕业生就业率超过95%。

泰国和印度尼西亚也有高校跻身区域前列。朱拉隆功大学是泰国最古老的高等学府，现代语言学科在区域内具有绝对优势，泰语文化研究全球领先。印度尼西亚大学（UI）是印尼排名最高的大学，法学、经济学为传统强项，毕业生多进入政府机构及跨国企业。