郭勋祺早年在四川从军，那时候地方军阀混战不停，他也在部队里一步步任职。二十年代初他在万县那边认识了陈毅和刘伯承这些人，通过接触慢慢对一些事情有了认识。1927年重庆发生三三一事件后，他安排陈毅等人安全离开当地，避开了搜捕。之后在一些军事行动里，他执行任务时也留有余地，没有完全堵死对方的路。

全面抗战爆发后，他带领川军部队出川参加战斗。1937年南京保卫战期间，他的部队在太湖西岸一带和日军交手，他本人负伤但还是坚持指挥，直到把防线移交给友军才去治疗。伤好以后他升了职，1938年担任五十军军长，部队驻扎在皖南青阳一带。那一带和新四军的防区靠得很近。陈毅作为新四军负责人曾经到他军部去过几次，两人谈起团结抗日的事。他支持新四军部队通过自己的防区东进，还提供了一些武器弹药和物资帮忙缓解对方的困难。另外他请新四军方面的人来给自己的军官讲解游击战的办法，还把上面发下来的防共指示及时告诉对方，让他们注意防范摩擦。这些来往让两边在抗日前线配合得不错。他妻子也组织了当地妇女成立抗敌协会，帮忙慰问伤兵和做后勤支持。

1939年冬天，蒋介石以作战不力的理由免去了他的军长职务。他当时在前线视察，接到消息后和身边人商量，决定尝试转到新四军那边继续抗日。他派人去联系，但新四军那边考虑到当时国共合作抗日的大局，没有同意接受。这个结果让他心里存了个疙瘩，好长一段时间都放不下。之后他进了陆军大学学习，1942年毕业后担任了一些没有实权的职务，一直闲着直到抗战结束。解放战争时期，国民党那边缺人手，1948年他又被任命为第十五绥靖区副司令，驻在湖北襄阳一带。

1948年7月解放军发动襄樊战役，战斗结束后他和绥靖区司令一起被俘。被带去见陈毅的时候，他直接问起九年前那次想起义的事，为什么当时不收下，现在却成了俘虏。陈毅对他说明了当时的形势考虑，他听完以后表示明白了过来，心里的那个结算是解开了。刘伯承得知他被俘的消息后，专门指示要解除对他的管制，还提到不能那样对待他。后来他提出希望回四川去做策反工作，这个安排得到了同意。1948年12月他从河南出发往四川走，路上给蒋介石发了电报报告被俘经过。走到张家湾附近的时候碰上从南阳撤下来的部队，对方了解情况后把他送到武汉那边，又转到南京，被软禁在医院里。蒋介石下野，李宗仁代理总统后，为推动和谈放了一批人，他这才获得自由。

1949年他回到成都，通过老朋友联系上地下党，开始在当地开展策反活动。他成立了一个保卫军的组织，自己担任负责人，便于联系旧部和收编部队。从1949年5月到12月，他促成了多支国民党部队的起义行动，还帮着推动了西康那边的起义。12月底的时候，他参与谈判，让成都地区的部队实现和平交接，避免了城市遭受破坏。成都解放后，他组织人员维持当地秩序，收容了一些人员并把武器收上来，防止出现乱子。

新中国成立以后，他提出在家乡工作，先后担任川西行政公署的委员兼交通厅厅长，后来又在水利厅任职，还担任过体育委员会的副主任等职务。1959年他在成都因病去世。这个过程里，郭勋祺从早年接触共产党方面的人，到抗战时期实际支持新四军，再到解放战争被俘后转变立场，为四川和平解放出力，算是走了一条自己的路。整个事情反映出那个时代里个人选择和国家大局怎么结合在一起的。早年他在川军里任职的时候，就因为和陈毅他们的来往被注意过，但还是坚持自己的想法。抗战出川后，他从南京保卫战打到皖南驻防，一路都是实打实的带兵。1938年那段和新四军配合的日子，他不止一次提供帮助，还把风险转告对方。这些事后来成了他被撤职的直接原因。1939年那次尝试转投的举动，虽然没成，但他对大局的顾虑也慢慢清楚了。

被俘后的谈话让他把以前的疙瘩放下了，之后回四川的路上虽然遇到几次阻拦，被押到南京软禁，但1949年初获得释放后，他马上投入策反工作。成立保卫军后，他利用旧关系联系了不少人，从5月到12月陆续有部队响应起义，12月底成都那边也顺利交接。这些行动直接帮着减少了损失，让城市保持了稳定。解放后他在四川的几个职务，都是实实在在管交通和水利的事，一直到最后因病去世。他这一生在不同阶段的选择，都和当时的国家局势扣得很紧，没有多余的弯路。