秀吉的父亲一般被认为是尾张国爱知郡中村（今名古屋中村区）的百姓：木下弥右卫门（？-1543），从这个名字来看，还产生了秀吉父亲是不是铁炮足轻的讨论，现在有一种意见说，秀吉是母亲（一般叫なか，后来叫大政所，1592年卒）“野合”而生的，秀吉都不知道父亲是谁，理由是秀吉没有为父亲建立菩提寺，也没有追赠官衔（家康为亡父松平广忠追赠从二位大纳言）。

秀吉的姐姐とも（1534-1625）嫁与尾张国海东郡乙之子村的弥助，生三男子：秀次、秀胜、秀保。因为天正九年左右长男成为三好康长养子（名三好孙七郎信吉，“信”字得于织田信长），所以弥助改名三好吉房（武藏守，1534-1612），法号一路。 天正十二年秋，信吉与三好康长解除养父子关系，改名羽柴孙七郎秀次。天正十五年秀次升权中纳言。天正十九年秀次任大纳言，继而任内大臣，因为天正十九年八月秀吉的儿子鹤松死去（3岁），十二月八日秀次拜关白，秀吉甚至把家督之位都让给了他。但是文禄二年（1593）秀吉的亲儿子出生（后丰臣秀赖），秀次的地位开始受到威胁。文禄四年（1595）七月，秀次被剥夺官位（正二位关白左大臣）流放高野山，七月十五日自杀，年28岁。秀次正室之一（中纳言菊亭晴季的女儿）也在三条河原被杀害。秀次还有三十人左右的侧室，都被杀害。

秀吉的弟弟秀长，妹妹あさひ是同母异父弟妹，据说是丰臣母与织田家的同朋众筑阿弥之子所生的。 妹妹あさひ（1543-90）先与副田甚兵卫（与左卫门）吉成结婚，后来因为秀吉与德川家康讲和，于天正十四年（1586）离婚，再嫁家康。天正十八年去世。

异父弟（木下→羽柴→丰臣）秀长（大纳言秀长，初名长秀，来自于“信长”的“长”与秀吉的“秀”，天正十二年改名秀长，通称小一郎，美浓守，1540-91）是秀吉的臂膀，贱岳合战后，管理播磨；天正十三年（1585）四国征伐后，授予大和国，以郡山（奈良县大和郡山市）为本据。天正十四年叙权中纳言，天正十五年八月叙任从二位权大纳言。天正十九年一月弃世，年52岁。小一郎长秀可能是秀吉亲戚中唯一比较出色的。 秀长的长女成为秀吉养女，嫁给甲斐守毛利秀元（毛利辉元养子）为妻；次女嫁与中纳言丰臣秀保为妻。唯一的儿子（小一郎）生平不详，可能早死。天正十六年（1588）外甥秀保成为秀长的婿养子。 除了以上几个，秀吉有可能拥有更多的兄弟姐妹，因为母亲（后来的大政所）贫穷，所以与多个男人相处，生下孩子，都是可能的。根据传教士的记载，天正十五年（1587）秀吉得知了他可能还有几个弟妹（或自称是秀吉弟妹），把他们都杀了。